SIFARM ima naslednje organe:
- Konferenco sindikata,
- Nadzorni odbor,
- Glavni odbor,
- Predsednika sindikata in
- Osnovne enote.
Člani so organizirani v Osnovne enote, kjer uresničujejo svoj program in program SIFARMA. V Sloveniji je trenutno 12 osnovnih enot, organizirajo pa se nove.
SIFARM se financira iz članarine, ki jo plačujejo člani, obračuna pa jo delodajalec pri izplačilu plače. Drugi prihodki so še iz dohodnine, donacije in drugih neprofitnih virov.
